L’association AFIS, organisme gestionnaire de l’établissement IJS et des services SAFEP, SSEFS, SESSAD TDL et SILS 01, est dirigée par un conseil d’administration composé de 6 membres et d’un membre de droit au titre de la Congrégation des Sœurs Saint Joseph de Lyon.
Le Conseil d’Administration se réunit 4 à 5 fois par an en étroite collaboration avec la direction de l’établissement et des services.
Un lien hebdomadaire entre le président et le directeur garantit une bonne coordination entre la politique portée par l’association et la vie institutionnelle sous la responsabilité de la Direction.